למזוזה שקבועה בפתח יש שני סוגי בדיקה שונים, וחשוב לא לבלבל ביניהם.
הבדיקה הראשונה היא בדיקה לפני הקנייה, על ידי מגיה מומחה. תפקידה לבדוק אות אחר אות שכל אחת נכתבה בצורתה ההלכתית התקינה, ולוודא ששתי אותיות לא נדבקו זו לזו — אם כן, המזוזה פסולה. בדיקה יסודית זו צריכה להתבצע עוד לפני קניית המזוזה, ולכן יש להקפיד לקנות מזוזות מאדם ישר שיכול להעיד שהמזוזה עברה בדיקת מגיה מוסמך.
הבדיקה השנייה היא בדיקה תקופתית, לאחר שהמזוזה כבר קבועה בפתח. ההלכה מחייבת לבדוק פעמיים בשבע שנים — הלכה למעשה, כל שלוש שנים וחצי. הבדיקה כוללת הורדת המזוזה ובדיקה שכל האותיות נשארו שלמות וללא סדקים, וכן בדיקת קפלי הקלף כדי לראות אם הדיו נמחקה במקום כלשהו (דבר שכיח בגלל לחות או עם הזמן). אם הכל נשאר כשהיה, מחזירים אותה; אם עולה ספק כלשהו, יש לשאול תלמיד חכם.
בשונה מהבדיקה שלפני הקנייה, בדיקה תקופתית זו יכול כל אדם לעשות בעצמו, ללא צורך במומחיות מיוחדת — מספיק להסתכל בעיון. עם זאת, מי שיש לו ספק אם המזוזות שלו עברו בכלל בדיקה יסודית לפני הקנייה, עדיף שיביא אותן לבדיקת מגיה מוסמך.
מנהג טוב ומעשי: לרשום את התאריך של הבדיקה האחרונה, כדי לדעת מתי מגיע התור לבדיקה הבאה בעוד שלוש שנים וחצי.